注意1：氮、磷、鉀總含量超過8%時與菌混合，會抑制菌的活性。如果氮、磷、鉀總養分大于8%，建議隨用隨混。目前，有些廠家的復合微生物菌肥中的氮、磷、鉀總養分達到10%以上，有的甚至達到25%以上，這對于一般的菌種來說，都會造成菌活性降低甚至造成部分死亡。但如果廠家選用的是耐化肥的菌種，就可以保證菌肥肥效。
注意2：不要將菌肥與殺菌劑、殺蟲劑、除草劑和含硫的化肥(如硫酸鉀等)以及稻草灰混合用。因為這些藥、肥，很容易殺死生物菌。或者先施菌肥，隔48小時后，再打藥除草。若拌種，切忌和已拌好殺菌劑的種子混合使用。還應防止與未腐熟的農家肥混肥。
注意3：對于已多年施用化肥的田塊，施用生物菌肥時不能大量減少化肥和有機肥的施用量，因農作物對化肥產生了依賴性，用生物菌肥取代化肥不能一下子適應。因此，其取代量應做到**、**、第三年分別取代30%、40%和60%，磷、鉀肥只能補足，不能減少。
注意4：在施用方法上，建議采用溝施、窩施的方式，一定要將菌肥蓋在土壤里，避免陽光直射，紫外線會殺死細菌；此外，不建議沖施微生物菌肥，因為加水稀釋后菌群會被沖散，影響施用后的效果。對含硫高的土壤和銹水田，不宜施用生物菌肥，因為硫能殺死生物菌。對于翻漿的水田，一般不用撒施，用噴霧的方法效果會好些。
注意5：高溫過高、過低、干旱條件下的農作物田塊不建議施用微生物菌肥。
注意6：選擇微生物菌肥一定要根據作物進行選擇。例如，針對大田作物，如水稻、玉米、小麥等，建議選擇復合微生物肥料。因為復合微生物肥料中既包含了菌、又包含氮、磷、鉀養分，以及有機質，使用起來更方便；在單獨使用氮肥、磷肥或鉀肥的地塊，可以配合施用微生物菌劑，起到促生長、抗病抗蟲等作用；針對瓜果蔬菜，建議使用生物有機肥，改善瓜果蔬菜的口感和品質。 |
